El Ministerio del Ambiente del Ecuador es el ente regulador de los parques zoológicos en el país, controla procesos, instalaciones, estado de las especies y realizan los decomisos y rescate de las especies del tráfico ilegal. El Amaru Zoológico Cuenca - Bioparque se encuentra regulado por ésta autoridad ambiental.

La Comisión de Gestión Ambiental del Ilustre Municipio de la ciudad de Cuenca es el ente que otorga la patente de funcionamiento anualmente y realiza los registros de las especies que llegan al Amaru Zoológico Cuenca, además han apoyado con fondos económicos para proyectos de conservación de amfibios de la ciudad y del Parque Nacional Cajas.